最早挑起事端的是主办辅仁大学的天主教会。他们用减少补助经费的办法制造学校的困难。于1949年将补助由22万美元咸少到16万美元，1950年又进一步削减。1950年7月教会驻校代表芮歌尼提出一系列无理要求，以停发经费相要挟。1950年9月25日教育部长与叙伦邀致芮歌尼到部谈话，阐明人民政府对教会学校的原则态度，正式声明中央人民政府在认为不能容忍的时候，即将学校收回自办，责令芮歌尼在当月内放弃一切无理要求。教会顽固坚持原有立场。教育部经中央人民政府政务院批准，先期于1950年10月12日明令将辅仁大学接收自办。继而在1950年12月29日，中央人民政府政务院发布了《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针决定》中央教育部根据这个“决定”的精神，于1951年1月11日发出了《关于处理接受美国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》，总的精神是要“将这一接收国家教育主权的重大工作做好”。至1951年底，所有教会大学都已由政府接办，或改为公立，或由中国人民自己办理仍维持私立，政府予以补助。接受外资津贴的中小学则在以后接办私立中小学过程中全部改为公办。这一行动最终结束了帝国主义对中国长达一个多世纪的文化侵略。坚决、彻底、全部收回教育主权，是一件在中国教育史上具有划时代意义的大事。