然而“七范围”通识课程的设计，很快便受到香港政府教育政策转变的冲击。1989年初，香港政府要求所有受资助的大专院校统一为三年制。香港中文大学虽为坚持本身之教育目标，拒绝硬性地将大学课程由四年制改为三年制，但随后实施的本科课程灵活学分制，已允许学生自由选择以四年或＝年的年期毕业。通识课程因应大学学制结构上的改变，将学生修读之通识学分减至十九学分，课程范围亦简化为三个，包括小咽文明”、“分科课程”和“跨科课程”：“中国文叫”为必修范同，学生必须选修一科；此外，学生除不能选修其主修学系范围内的科目外，其余学分可在二范围内自由选修。课程的结构性大大减弱。
选修限制的自由度增加之余，通识科目的数量，又随着大学实施的“单线拨款预算”(One—line budget)而迅速增加。新的拨款制度使学系所获得的经费与所教授的学生人数直接挂钩，成为各系积极提供通识课程的诱因，通识科目的数量由20世纪90年代不足一百科，增至2002—2003年超过二百二十科。由于限制减少阿学科大增，整个课程变得缺乏一个清楚架构：同学们不免有眼花缭乱，无所适从之感。