教育科研管理方法的采用必须考虑到教育科研管理的目标、教育科研管理主体自身的能力、教育科研管理客体的实际状态、教育科研管理方法运用的成本等因素，进而明确以下几点：一是教育科研管理方法的运用必须有效地促进教育科研管理目标的达成；二是教育科研管理方法的运用必须符合教育科研管理对象的实际特点；三是教育科研管理方法的运用在保证教育科研管理目标实现的前提下，要尽可能节约成本。四是教育科研管理方法的运用不是一种方法解决一个问题的对应，宜综合运用。

以上面的分析来观察当前的教育科研管理，从方法或措施上看存在着一些值得深思的倾向。

其一，教育科研项目评审的民主性、公开性、公正性、公平性不够，导致不少教育科研工作者尤其是基层教育科研工作者对教育科研管理部门的误解。

其二，教育科研的事中管理，尤其是对教育科研过程的督促指导不够，导致一些教育科研项目获批之后不能按计划完成，或完成了也甚为勉强，不能达到预期效果。

其三，教育科研管理措施弹性、模糊性不够，存在着过于刚性的倾向，尤其是对教育科研论文、著作数量的要求，对教育科研质量的量化等存在着将复杂的教育科研活动及其成果评鉴简单化的现象。

其四，教育科研管理重利益沟通和短期效益的倾向严重，尤其是寄希望于通过物质奖励、经费支助、津贴发放等来推动教育科研的发展，而忽视精神鼓励，忽视教育科研的不断进步和高水平教育科研成果的出现，是教育科研工作者对教育科研的执著情感和在教育科研中追求的理想与目标所起的作用。