现刊浏览和引文追踪这两种方法都有一个弱点，即获取文献的偶然性大，缺乏全面性和系统性。这两种方法用于一般性的知识积累尚可，对于从事科学研究则远远不够。因此还必须充分利用前面提到过的二次文献一一文献检索工具。所谓检索工具法，就是利用索引、文摘等系统全面查找所需文献线索。对于众多中外文生物医学文献检索工具及其查找利用方法，广大科研人员可能已不陌生，因为国家教委曾在1984 年先后下发文件，要求在高等院校为本科生、研究生开设”文献检索与利用”课，以普及文献检索知识。医学院校多在1985 年前后为研究生、本科生开设了这门课，并通过继续教育陆续对在职人员进行这方面的扫盲教育。所以，在这里不过多地对各种检索工具的结构、编排等做详细介绍（这些可参考有关的医学文献检索教科书） ，而是从实用的角度，对常用工具的特点做一概述。
生物医学文献检索工具，从文种来看，有中文、英文、日文等；从类型来看，有题录型（只列出文献题目、作者及出处）、文摘型（在题录基础上增加文献的摘要）和混合型（既有题录、又有文摘） ；从专业内容来看，有专门的医学文献检索工具，也有相关专业的检索工具。现分述如下：
1.中文医学文献检索工具：
首选的是《中文科技资料目录》医学分册（简称中目，其对应的机捡数据库是中国生物医学文献光盘数据库CBMdisc） .是检索中文医学文献最为权威的一种题录型工具，也是查新检索中指定的必查工具之一。对于迅速、全面、系统了解某一专题文献线索极为便利。其次是《中国医学文摘），以文摘形式报导医学文献，分基础医学、内科学、外科学等16个分册出版。它可以帮助专业人员用有限的时间迅速浏览本专业文献的摘要，以大致了解有关领域的现状和发展动态。
2、外文医学文献检索工具：
首选的是美国的lndex Medicus （简称1M ，其对应的机检数据库是MEDUNE ，包括光盘版、网络版PubMed 等多种版本） ，是国际公认的最具权威性的题录型医学文献检索工具。它收录范围广泛，编排科学，检索方便，与一次文献的时差较短，是查找国外医学文献最为便利的检索工具。尤其是它独具特色的结构及其附属的词表、引用期刊目录等，有助于解决许多查阅文献和论文写作中的问题。但从1M 中查到的文献题录，有相当一部分在国内难以找到原文。
其次，是荷兰的Excerpta Medica（ 简称EM ，其对应的机检数据库为EMBASE） ，它是一种文摘型检索工具，也是按分册，出版，目前出版42 个分册。对于专业人员来讲，养成定期浏览EM 相应分册的习惯，不失为了解、跟踪和掌握国外相关文献的最佳方法。EM 的文摘短小精炼，行文规范、通俗，减少了阅读外文的某些障碍。由于大量非英文文献的文摘都译成英文编入其中，藉此可”一览全球”。在收录范围上， EM 对药学文献有所偏爱，收录较多，但却没有护理学和口腔医学分册。
3. 医学相关学科检索工具：
美国的Biological Abstract （简称BA） 、Chemical Abstract （简称CA） ，分别是生物学领域和化学、化工领域的权威工具，两者均收录大量医学文献，在分子生物学等生命科学的基础研究方面收录尤其丰富。
4. 科学引文索引：
与前面介绍的检索工具不同，科学引文索引（Science Citation Index ， SCI） 不是用于检索某一主题、某一学科文献，而是用来揭示科学文献之间引用与被引用的”链式”或”网状”关系。通过SCI 的引文索引（Citation Index） ，可以了解某位作者的论文曾被何人引用过；某作者有多少篇论文被人引用过；某作者的某篇论文被引用过多少次；世界上有多少人共同研究相同或相近似的科研课题等。例如通过SCI 查出，我国学者韩启德关于两种α 肾上腺素受体亚型研究所发表的论文，至1994 年底已被国际上引用691 次；其中1987 年在Nat田e 上发表的一篇论文， 1989-1993 年每年均占我国学者单篇论文被引证次数的第2位。
目前，国际上一些重要科技成果（如诺贝尔奖）评审中，均要检索SCI 以确定某项成果发表后，在一定时间内被引用的情况；近年来我国国家级科学奖励，特别是国家自然科学奖，也非常重视论文被引用情况。同行评议与引文计量结合起来，有利于对科技成果进行比较客观、公正、恰如其分的评价。通过SCI 的团体索引（Corporate Index） ，可以了解一个国家、一个地区、一个城市、一个单位的科技发展动态和水平，为评价一个单位、一位学者的学术水平和科学成就提供科学依据。通过SCI 及其《期刊引用报告》，Journal Citation Reports ，JCR ，原是SCI 年度累积本中的一项内容， 80 年代以后从SCI 中分离出来，成为一种独立的刊物） ，计算出刊物的Impact Factor（ 影响因子，即一个刊物一定时期发表论文的总被引用次数/同一时期发表的论文总数） ，可藉以评价一种期刊的质量，并将这种刊物与其同类刊物进行比较，进而排序、筛选出核心期刊。SCI 还可以衡量文献的老化速度，进而推断出某学科、某专业的发展速度。正因为SCI 具有上述独特的诸多功能，所以日益引起学术界的高度重视。