一般认为科学素养包括4个方面：一是对科学知识的理解二是对科学过程和方法的理解：三是对科学、技术，社会三者关系的理解；四是科学的态度、情感与价值观。按照这样的评价指标，综合科学课程优势明显。例如，对科学知识的理解，浙江“自然科学”课程的知识结构有三条纵线；一是对自然界物质的认识，包括物质的存在形态、物质的特性和物质的结构；二是对自然界物质运动的认识，包括运动的普遍性、运动形式的多样性、运动的前进性以及运动状态的量度——能量；三是对人与自然关系的认识，包括对自然的利用、改造和保护以及对人类自身的认识和保护。这个知识结构表现出对自然界物质认识的综合性，对物质运动认识的全面性，对人与自然关系认识的现代性。
此外，课程在学科特殊方法的基础上，进行一般方法教育，这是综合科学课程的优势。科学一般方法教育一方面能使学生理解科学过程，并加深对科学、技术、社会三者关系的理解；另一方面，科学知识为学生的认识发展提供了一种智力操作材料，而科学方法为在思维上和行为上操作这些材料提供了手段和工具。如果学生通过科学知识的学习掌握了科学方法，那么他就有可能运用这些方法去寻求自己尚未知晓的新知识，去探求各种问题的答案，从而形成创造能力。