教育科研管理力祛是教育科研管理中教育管理主体采用的手段、方式、措施的总和，教育科研管理方法是教育科研管理主体连接教育科研管理客体的桥梁与纽带。教育科研管理方法得当，教育科研管理就有可能产生事半功倍之效，教育科研管理目标就能很好的实现。相反，教育科研管理方法运用不当，就会损伤教育科研工作者的积极性，出现事倍功半的状况，或产生南辕北辙、事与愿违的效果。
教育科研管理方法，可以从不同的角度加以分类和理解。从教育科研管理主体与教育科研管理客体之间的沟通方式上理解，可以将教育科研管理方法分为权威沟通、利益沟通、精神沟通三种。教育科研管理中的权威沟通是指通过教育行政管理部门的文件政策等手段来进行沟通、施加影响；利益沟通是指通过物质奖励、经费文助等手段来进行沟通、施加影响；精神沟通是指通过精神鼓励、心理疏导以及达成思想共识等方式进行沟通、施加影响。从教育管理主体对教育科研项目、课题的决定方式上理解，可以将教育科研管理方法分为民主决定式、民主集中决定式和直接审批式三种。民主决定式是指教育科研项目由专家民主评议结果决定；民主集中决定式是指在参考专家评议的基础上由教育科研管理机构集中审批；直接审批式即教育科研管理部门直接批准教育和研申请项目。从教育科研管理过程上理解，可以将教育科研管理方法分为事前管理、事中管理与事后管理三种。教育科研的事前管理是指教育科研计划政策指南的制定、教育科研项目申报的组织与评审等；教育科研的事中管理是指对获批之后的教育科研项目的科研过程进行管理，如检查、督促，中期评审等；教育科研的事后管理是指讨教育科研项目的结题、成果进行的管理，如组织总结、评估鉴定及推广等。