课题制条件下教育资源配置的核心是实行课题负责人制，扩大课题组的自主权。这就要求研究生导师要有课题，若导师没有课题，课题制就无从谈及。有了课题就要处理好各种关系，明确课题组、课题负责人、导师的地位，以课题组为核心规范导师组形成和执行导师产生的方式，明确课题制培养模式运行过程中各行为主体的责、权、利。不仅要处理好课题负责人、导师、课题成员、研究生之间的关系，还要理顺研究生管理机构与科研管理机构之间的关系。
课题制条件下教育经费要统一按照研究生培养的要求使用。我国研究生教育普温存在经费不足的问题，迎过课题制可以实现多方面的利益。从课题方来讲，让学生参与研究，可少聘请课题参加人员，节约人力资源占用费，研究生一般不可能同时承担或参与多个课题，精力集中，可在相对较短的时间内完成任务；对教育方而言，有了课题就有了从事科研活动的基本经费，这些经典可资助研究生开展调研，参加学术讨论会，发表或出版研究成果等。课题制可实现等量经费的双倍功效，从而达到财力资源的优化配置。
课题制有利于吸收非导师人员参与研究生培养。传统的研究生养模式中，导师集多种责任于一身，不同专业方向之间、不同专业之间、不同学科之间、学校与社会之间界限明确，互不往来，非导师指导研究生存在巨大的制度障碍。研究生在一种封闭的环境中接受教育，不论学术思想还是科研方法都难有突破。最终导致师生之间科研的低水平重复。最近几年媒体报导的师生相互妙袭现象尽管有其多方面的原因，但导师制、封闭式研究生培养模式应是其中的重要因素。课题制培养模式可克服这种弊端，只要是课题组的成员，不论其是否为导师，是否同专业同方向、是否为高教人员，都因在同一课题组工作，经常性交流讨论，对研究生来说是一种有益的指导。再以城市规划专业为例，城市规划是政府行为，课题(项目)的委托方是城市政府。如果没有识题或项目，研究与教学工作很难结合，至少在实践环节难以提高。有了课题，导师可以根据工作需要组织队伍，其中少不了富有经验的规划师、制图工程师、软件工程师，甚至有不动产估价师、艺术家等。研究生参加到这样一个课题组中，专业得到拓展，知识面会更加宽广。