理论研究必须关注理论体系结构是否合理。认真考察目前所建立的某些教育科学理论体系，可以发现不同程度地存在范畴体系不严密问题。这固然反映人们对某个教育问题的把握水平，但其中也反映认识方式上的偏颇。由于研究者哲学基础和方法论的不同，或由于构建理论体系的逻辑起点不同，形成了认识的相对性。因而有的理论体系结构是相对合理的，也有的则是不太合理。目前有一种倾向，似乎只要引进某些新概念，有一个新思路，便可提出某个学科体系，并不认真审思这个体系内存结构是否合理。
理论体系结构是否合理，主要受以下几个因素制约：一是所研究领域的科学理论的有关研究是否达到的一定深度和广度，使基本理论得到较好的总结和概括；二是是否把握这些理论要素间的内在联系、层次结构；三是能否恰当地运用逻辑方法，寻求事物间的逻辑与非逻辑的互补而又互斥关系，使体系的逻辑符合客观事物结构的台理性。
理论体系结构客观度的确证，检验方法有两种。一种是实践检验，通过实践证明理论对实践的解释力(解释的广度、消化反常事例的能力以及可推演性)和预测力以及理论开辟新课题的能力，从而使认识一步步逼近真理，这是对理论研究成果的外部检验。另一种是逻辑检验，是形成理论的内部检验。要对作为现代教育理沦“基本思想”的那些内容进行判断和分析，即不仅要对内核——立论的基础，理论体系所依据的基本命题、基本理论和学术观点进行判断，而且要对“保护层”——辅助学说进行分折。目的在于保持整个科学知识结构的协调。