教育行政组织机构与政府机构究竟是隶属关系,还是独立自主的关系,对于教育行政组织机构的建置及其作用的发挥有重要影响。我国自古代开始便形成了“政教合一”的传统。到了近代,由于社会动荡、政潮起伏、政局频变,教育行政也因此深受影响,难以发挥作用。故“五四”之后形成的教育独立运动,使要求教育行政独立,使教育行政立于政治之外,保持中立或独立地位。国民政府时期,教育行歧又渐入“歧教合一”状态,尤其是省及县级教育行政表现得更为突出,县级出现县长直接管理教育的状况。1949年建国以后,教育行政组织机构与政府机构的关系逐渐清楚,即教育行政组织机构是政府行政组织的组成部分,为政府专门管理教育的职能部门。

但是,教育行政组织机构在建国后几十年的发展过程中却有不少波动和起伏,文化大革命期间更受到极大的损害,没有起到教育行政组织机构的作用,对教育事业产生了不利的影响。因此,近年来,在进行教育行政组织机构改革的过程中,便有使教育行政保持独立、教育行政组织独立建置的主张。其实,政府行政组织与教育行政组织机构的关系是整体与组成部分、主体与从属的关系应是明确的:“教育行政组织是国家行政组织的组成部分,是国家行政组织系统中的分系统。……教育行政组织从属于国家行政组织系统,具有国家行政组织的诸种特性:它处于系统之中,具有一定的国家行政权,并代表国家行使这种权力,它的设逞和活动,服从于国家整体利益和部署。”