在教育行政组织机构与政府机构的关系中，曾提及教育行政组织与政府其他职能部门的关系，这是在并列、平等地位上而言的。作为政府专门管理教育的职能机构的各级教委*关于教育的所有事宜*均属其管辖范围，而政府其他职能部门内的教育行政组织机构只负责所属部门或行业的教育事宜。各级教委与各级政府中的部委、厅局、科局等是平等的地位，而与部委、厅局及科局中所属的教育行政机构，在权限、级别上是上下级关系。但这里的上级却不能对下级进行直接干预与控制．各级教委对不同行业、部门的教育进行管理，发生作用，要经过这些部委、厅局、科局中的教育行政组织。因此，教委对其他职能部门中的教育行政组织也只能是业务上的宏观指导，检查、审核、协调、评估、督促的关系。
在近几年的发展过程中，政府其他行业、管理部门或职能部门的教育行政管理有不断削弱的倾向，并影响到这些部门所办教育的发展。建国几十年来形成的中央各部委、省市有关厅局等举办高等教育、中等教育以及初等教育的格局，尽管存在着条块分割、“小而全”、规模效益不高等弊端，但却有利于调动各部门的办学积极性，有利于根据行业、职业特点组织和安排教学，更好地贯彻理论联系实际的原则，满足职能部门和行业尤其是对国计民生影响甚大而条件相对艰苦行业的人才需求。然而在计划经济体制向市场经济体制转轨的过程中，职能管理部门强调突出行业特点，视所办教育为沉重包袱，以强调各级政府尤其是各级教委办学责任为由，试图分离或剥离原己承办的教育任务。一些地方政府的教育行政部门缺乏深思熟虑，轻易将职能部门或行业的办学任务揽为已有。我们认为，职能部门办学对行业的发展利大于弊，职能部门视办学为包袱是短现行为，政府教育行政部门承揽部门办学任务是脱离实际之举。在当前各级教委办学任务十分繁重，教育投入短期内难有大的改善，而国民对教育需求又持续旺盛的情况下，各级政府教育行政组织不宜轻易将部门或行业所办教育收归。相反，应进一步强化各部委、省市厅局以及市县科局主办教育的职责，调动其办学的积极性，适当扩大部委、厅局等职能部门中教育行政组织的职权，促其把所办教育办好，管好。