学校是教育行政组织机构管理的主要对象，教育行政组织机构活动的终点是各级各类学校。但学校作为从事实际教育教学活动的实体，也是由国家审核、批准成立的一种组织，它不是教育行政组织的分支机构或附属机构，而是具有法人地位、相对独立的教育事业单位。因此，教育行政组织机构与学校的关系既不同于教育行政组织机构与政府的关系，也不同于各级数育行政组织机构之间的关系。由于我国各级各类学校主办者的多样性，故教育行政组织机构与学校之间的关系不能简单地概而言之，而应作具体分析。中央、省级、地级、县级教育行政组织机构与学校的关系包括三个层次：一是与学校的一般关系：是与直接主办主管学校的关系；三是与职能部门或行业所办学校的关系，可见教育行政组织机构与学校关系的复杂性。在此只就其主要的方面谈点粗浅想法。
关于教育行政组织与学校的一般关系，应是宏观调控与微观实施的关系，一般指导与具体执行的关系。教育行政组织主要是通过制定政策、方针、法规、计划对学校进行规范指导，通过检查、督导、评估以及提供教材、教学计划、信息练对学校施加影响和为学校服务。学校在坚持教育方针、政策、法规和执行教学计划的情况下，组织具体的教育。教学活动及晰此对学校所进行的常规性管理，教育行政组织不得干预。但长期以火，教育行政组织直接干预学校教育教学过程、学校内部管理过程的情况十分严重，致使教育行政组织机构工作繁杂，仟分繁重，以致内部机构设置日益庞大，机构精简困难。这实际是没有摆正教育行政组织勺学校关系的结果。