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化學信息學理論如下：
化學信息學是一門應用信息學方法來解決化學問題的學科。20世紀中后期，伴隨著計算機技術的發展，化學家開始意識到，多年來所積累的大量信息，只有通過計算機技術才能讓科學界容易獲得和處理，換言之，這些信息必須通過數據庫的形式存在，才能為科學界所用。這一新領域出現以后，沒有一個恰當的名稱。活躍在這個領域的化學家總是說他們在“化學信息”領域工作。然而，因為這一名稱難以將處理化學文獻的工作和發展計算機方法來處理化學信息的研究分別開來。所以，一些化學家就稱之為“計算機化學”，以強調采用計算機技術來處理化學信息工作的重要性。但是，這個名稱容易與理論化學計算，即“計算化學”混淆。
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